אחת המטרות המרכזיות של עמותת אקו-אושן היא קידום מחקר ימי בישראל, והכלי המרכזי שלנו
לעשות זאת הוא ספינת המחקר שלנו "מדקס" (Mediterranean Explorer). הספינה נבנתה בהתאם
לצרכים המיוחדים של מחקר ימי באיזור הים-התיכון, וצויידה במגוון רחב של ציוד מחקרי
המאפשר מחקר ימי מגוון.
גם סטודנטים למדעי הים ממוסדות להשכלה גבוהה מבקרים בספינת המחקר שלנו, ומשתמשים בה
לצורך תרגול שיטות מחקר עכשוויות.
כארגון סביבתי, אנוחנו משתמשים בספינה גם לצורך מחקרי סביבה עצמאיים, כגון תוכנית ניטור
חופי הים-התיכון הישראליים.